Villa debutó con la Selección sub-21 el 12 de febrero de 2002, siendo convocado hasta en siete ocasiones. Debutó con la selección absoluta el 9 de febrero de 2005 el el estadio de los Juegos del Mediterráneo (Almería). Ese mismo año, el 16 de noviembre, marcó ante Eslovenia su primer gol internacional. Ha batido dos récords, el primero fue el 25 de marzo de 2011 al marcar dos goles ante la República Checa que le convirtió en el máximo anotador de la historia de la Selección Española; mientras que el 6 de septiembre de ese año se convertiría en el jugador de la selección con más partidos marcando: 36.
También ha jugado un partido con la selección autonómica de Asturias en un amistoso el 28 de diciembre de 2002 ante Honduras, donde marcó un gol.
Canal de YouTube
